Theo báo cáo của UBND TP. Hà Nội tại kỳ họp thứ 6 HĐND TP. Hà Nội khóa XV, cầu Nhật Tân có quy mô chiều dài khoảng 3,9km, chiều rộng 33,2m và đường 2 đầu cầu với tổng chiều dài khoảng 4,399km, tổng mức đầu tư của dự án là 13.626 tỉ đồng.
Dự án được chia làm 3 gói thầu chính, trong đó, gói số 1 xây dựng cầu chính và cầu dẫn phía Bắc, gói số 2 xây cầu dẫn và đường dẫn phía Nam, gói số 3 xây đường dẫn phía Bắc.
Dự án sử dụng 2 nguồn vốn Trung ương (vốn ODA và vốn trong nước) và ngân sách Hà Nội. Công tác xây lấp, tư vấn (bao gồm dự phòng và trượt giá, kể cả lãi vay) sẽ dùng vốn JICA-Nhật Bản là 66,783 triệu yên Nhật tương đương 10.118 tỉ đồng; Vốn đối ứng trong nước là 3.508 tỉ đồng, trong đó vốn ngân sách Trung ương cho quản lý dự án là 2.442 tỉ đồng; vốn ngân sách TP. Hà Nội 1.066 tỉ đồng cho GPMB và tái định cư.
Theo lý giải của Hà Nội, sở dĩ phát sinh chi phí gói thầu số 1 của dự án là do khối lượng GPMB lớn, phức tạp. Gói thầu số 1 được thực hiện bởi Liên danh Công ty kết cấu hạ tầng IHI và Công ty xây dựng Sumitomo Mitsui (Nhật Bản) có thời hạn hợp đồng 36 tháng với tổng giá trị hợp đồng là 7.723 tỉ đồng. Theo kế hoạch ban đầu, toàn bộ mặt bằng gói thầu này sẽ được bàn giao trước tháng 3/2010. Tuy nhiên, tiến độ bàn giao mặt bằng bị kéo dài đến tháng 5/2012, chậm so với tiến độ kế hoạch 26 tháng làm phát sinh chi phí khoảng 288 tỉ đồng.
Gói thầu số 3 được thực hiện bởi nhà thầu Tokyu Construction Co., LTD (Nhật Bản), bắt đầu triển khai thi công từ 20/4/2009, thời gian thực hiện hợp đồng 34 tháng với tổng giá trị hợp đồng là 1.838,7 tỉ đồng. Theo kế hoạch, tháng 6/2009 sẽ bàn giao mặt bằng nhưng tiến độ bàn giao bị kéo dài đến tháng 3/2012.
Việc triển khai gói thầu số 3 bị chậm do công tác GPMB kéo dài, phát sinh hạng mục di chuyển công trình hạ tầng, điều chỉnh hướng tuyến. Ngoài ra còn do việc xác định thời gian thi công, ký kết hợp đồng gói thầu thi công chưa lường hết khối lượng phải GPMB của gói thầu…, dẫn đến phải gia hạn thời gian hoàn thành đến 14/5/2014, kéo dài thêm 27 tháng so với kế hoạch, phát sinh thêm 157 tỉ đồng.
Trên cơ sở xem xét bổ sung kinh phí cho 2 gói thầu trên cũng như qua các báo cáo, ý kiến của các bộ, ngành, ngày 16/12/2015, Thủ tướng Chính phủ đã có văn bản số 2295/TTg-QHQT, đồng ý sử dụng nguồn vốn dư của JICA để thanh toán các chi phí do kéo dài thời gian thực hiện hợp đồng và chỉ đạo TP. Hà Nội chịu trách nhiệm vay lại 50% khoản vốn vay nêu trên (theo các điều kiện vay lại) theo quy định hiện hành.
Theo đó, giá trị vay lại được xác định khoảng 225.799 triệu đồng, thời hạn trả nợ gốc là 30 năm, lãi suất cho vay lại 0,2%/năm/dư nợ vay lại. Tổng giá trị trả nợ gốc (bao gồm gốc và lãi) là 236.972 triệu đồng. Thời hạn trả nợ gốc bắt đầu từ năm 2021, trả lãi từ năm 2018. Riêng trong năm 2018 sẽ phải trả lãi 6.452.353 Yên tương đương 1.342 triệu đồng được bố trí từ ngân sách của TP.
Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội Nguyễn Mạnh Quyền cho biết, việc vay lại một phần chi phí phát sinh Gói thầu số 1 và số 3 của Dự án cầu Nhật Tân không làm vượt hạn mức vay nợ của TP.
