Theo Quy hoạch phát triển giao thông vận tải hàng không giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Cảng hàng không Điện Biên được tập trung nghiên cứu, triển khai trong giai đoạn từ nay đến năm 2020. Việc sớm đầu tư và xây dựng mở rộng Cảng hàng không đáp ứng quy mô quy hoạch là cần thiết, nhằm tháo gỡ nút thắt về giao thông vận tải, nâng cao năng lực vận tải hàng không và tạo điều kiện để tỉnh Điện Biên thu hút đầu tư, phát huy tiềm và năng lợi thế, đặc biệt là về du lịch; góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội và bảo đảm quốc phòng, an ninh của tỉnh Điện Biên và miền Tây bắc của Tổ quốc.
Theo Quyết định số 2501 của Bộ Giao thông vận tải, giai đoạn đến năm 2020, dự kiến Cảng hàng không Điện Biên sẽ có công suất khoảng 300.000 hành khách và 500 tấn hàng hóa/năm. Tạo được 3 vị trí đỗ máy bay, trong đó 2 vị trí cho máy bay ATR72, 1 vị trí cho máy bay A320, A321 hoặc tương đương. Đến năm 2030, dự kiến cảng sẽ nâng công suất lên 2 triệu hành khách và 10.000 tấn hàng hóa/năm.
Dự kiến giai đoạn 2020 sẽ khai thác các tuyến bay theo hướng: Điện Biên – Nội Bài và Điện Biên – Cát Bi, định hướng đến 2030 dự kiến khai thác thêm 2 tuyến bay là: Điện Biên – Đà Nẵng; Điện Biên – Tân Sơn Nhất. Trong tương lai, theo xu hướng Cảng hàng không Điện Biên có thể trở thành Cảng hàng không quốc tế trực tiếp đón, đưa khách từ Lào, Campuchia, Myanma, Thái Lan…
Phó Thủ tướng giao Bộ Giao thông vận tải chỉ đạo Cục Hàng không Việt Nam tăng cường kiểm tra, giám sát, chấn chỉnh và xử lý kịp thời những tồn tại trong hoạt động hàng không tại Cảng hàng không Điện Biên để nâng cao hiệu quả khai thác, giảm giá thành vận tải.